ได้มีการแบ่งการดำเนินการออกเป็น 2 ลักษณะ และขั้นตอนดังต่อไปนี้
          1. การประกันคุณภาพภายใน หมายถึง กิจกรรมการควบคุมคุณภาพภายในมหาวิทยาลัย โดยการดำเนินการ ของมหาวิทยาลัยเอง เพื่อให้มีความมั่นใจว่ามหาวิทยาลัยดำเนินการตามภารกิจอย่างมีคุณภาพ
          กระบวนการประกันคุณภาพภายใน ประกอบด้วย
             1. การควบคุมคุณภาพ
             2. การตรวจสอบคุณภาพ
             3. การประเมินคุณภาพ
     
          2. การประกันคุณภาพภายนอก หมายถึง การดำเนินการตามระบบควบคุมคุณภาพภายในพร้อมทั้งการตรวจ สอบและการประเมินผลทั้งระบบ โดยหน่วยงานภายนอกเพื่อประกันว่ามหาวิทยาลัยดำเนินการตามภารกิจหลักได้อย่างมีคุณภาพ
          กระบวนการประกันคุณภาพภายนอก ประกอบด้วย
             1. การตรวจสอบคุณภาพที่ผ่านกระบวนการประกันคุณภาพภายใน
             2. การประเมินคุณภาพ
             3. การให้การรับรอง
     
          ระบบการประกันคุณภาพที่กำหนดขึ้นดังกล่าวมีขั้นตอนการดำเนินการ ดังต่อไปนี้ คือ

ขั้นตอนที่ 1 การดำเนินการประกันคุณภาพภายใน ประกอบด้วย
          1. ทบวงมหาวิทยาลัยแจ้งให้สถาบันอุดมศึกษาทุกแห่งทั้งภาครัฐและเอกชนดำเนินการประกันคุณภาพการศึกษาภายในโดยมุ่งที่ระดับคณะวิชาเป็นหลัก
          2. สถาบันอุดมศึกษาสร้าง พัฒนา ดัดแปลง หรือ เลือกระบบประกันคุณภาพที่เหมาะสม และสอดคล้องกับจุดมุ่งหมายปณิธานของสถาบันโดยเป็นระบบที่น่าเชื่อถือได้ และอ้างอิงได้โดยทั่วไป 1 ระบบ และแจ้งให้ทบวงมหาวิทยาลัยทราบพร้อมทั้งเสนอแผนดำเนินการประกันคุณภาพภายใน
          3. การประกันคุณภาพการศึกษาภายใน สถาบันอุดมศึกษาควรครอบคลุมภาระงานการ 4 ด้านของสถาบันและทางวิชาการแก่สังคม และการทำนุบำรุงศิลปะวัฒนธรรม
          4. สถาบันอุดมศึกษาอาจเน้นภารกิจที่แตกต่างกันได้
          5. คณะวิชา/มหาวิทยาลัยดำเนินการประกันคุณภาพทุกปี
 
ขั้นตอนที่ 2 การดำเนินการประกันคุณภาพภายนอกประกอบด้วยทบวงมหาวิทยาลัยดำเนินการดังนี้ คือ
          1. จัดตั้งคณะกรรมการประกันคุณภาพการศึกษาระดับอุดมศึกษาเพื่อรับผิดชอบในการรับรองมาตรฐานการอุดมศึกษาระดับชาติ
          2. จัดตั้งคณะอนุกรรมการพัฒนาระบบการประกันคุณภาพการศึกษาระดับอุดมศึกษาเพื่อให้ทำหน้าทเสนอแนะการพัฒนาระบบการประกันคุณภาพต่อทบวงมหาวิทยาลัย
          3. จัดตั้งอนุกรรมการการตรวจสอบและประเมินผลคุณภาพอุดมศึกษา เพื่อให้ทำหน้าที่เยี่ยมชมตรวจสอบประเมินคุณภาพทุก 5 ปี และเสนอรายงานต่อคณะกรรมการประกันคุณภาพการศึกษาระดับอุดมศึกษา
 
ขั้นตอนที่ 3 ขั้นการรับรองคุณภาพ
          ทบวงมหาวิทยาลัยจะแจ้งผลการประกันคุณภาพคณะวิชาให้กับสถาบันอุดมศึกษาและสาธารณชนได้รับทราบต่อไปและทบวงมหาวิทยาลัยอาจจะจัดสรรงบประมาณให้กับสถาบันอุดมศึกษาเพื่อให้คณะวิชาที่ผ่านการรับรองพัฒนาสู่ความเป็นเลิศสำหรับคณะวิชาที่ไม่ผ่านการรับรองก็ให้พัฒนาไปสู่ระดับคุณภาพที่ได้มาตรฐาน